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微波灭菌在中西药生产中已有应用，上世纪八十年代初，有关研究单位曾做实验：将含菌量高达350万个大盐水混悬液密封与1～2ml的安瓶中，继3～5kw，2450MHZ的微波作用15秒以上，安瓶温度接近110℃，细菌全部杀灭。金黄色葡萄球菌与词此类同，枯草杆菌芽胞含量为6～8万个/ML液温应达140℃，保持20秒钟，可全部杀灭细菌。
中药，尤其直接入药的药材，由于产于土垠。生于空气中，在贮放环境中茗通风及卫生条件不符合要求，也易造成昆虫、细菌的繁殖，故在洗药，常规干燥时，难以将生物及微生物或卵、螨等清除或杀灭。因而，此种药材即使经粉碎、过筛后也难以符合中国药典所规定的杂菌指标要求，必须对其进行灭菌处理。
麻黄、生草鸟、甘草、穿心莲经微波加热、烘箱和未经加热的样品，从成分含量测定的结果分析，生物碱、内脂、有机酸等对微波加热较稳定。乌头碱经微波处理后，基本上没有被破坏，一般灭菌时间为3～6分钟。总之，一般温度在80℃，照射数分钟或数十分钟，丸剂就可以达到灭菌效果。如密丸照射数分钟可杀死74%～89%细菌，水丸照射16～22分钟，可杀灭94%～99%的细菌，饮片照射2～4分钟可杀灭99%的细菌，其效果优于干热灭菌，而且热转换效率高，，节约能源、卫生、符合GMP要求并可实现自动控制及连续化生产。若将微波灭菌用于抗骨质增生丸，采用196W的输出功率，灭菌时间3分钟，可将大部分细菌杀灭，而且丸剂保持外行不变，灭菌后的丸剂显干燥。
微波用于中药灭菌提取的良好的效果。曾用三种微波发生装置：2450MHZ隧道式微波加热器；2450MHZ直波导微波机；2450MHZ组合波导微波机。分别对丸药样品进行灭菌，含菌数比未经处理的样品降低74%～99%，微波灭菌的饮片含菌数比未经处理的降低99%，如微波处理的当归，经分析测定其挥发油的气相色谱图，其主要成分无多大变化，而沸点低的其挥发油则明显减少。
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