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微生物菌种在合适的环境条件下具有消化降解人类排泄物的功能，免冲生态厕所的主机就为微生物菌种提供了这些合适条件。当排泄物进入主机U型槽经搅笼搅拌使之与载体菌种充分混合，寄生在载体中的好氧菌等有效菌种分别产生蛋白酶、脂肪酶等，从而使排泄物分解成二氧化碳和水等，并以气体和水分的形式分离出来，其中经除臭的托马斯菌有效工作消除恶臭。在工作中降解菌群根据排泄物的逐渐增殖，以加快降解速度，降解完毕，增殖结束。多余衰败的菌种在缺乏排泄物的情况下自然死亡，健壮有效菌种保持在正常水平。整个降解过程8—12个小时，降解率在99%以上，余下不到1%的物质为有机质可作为有机肥原料收集、使用。
