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石蜡包埋切片的HE染色法分色后用自来水或加数滴氨水碱化，直至细胞核变成蓝色。这一步骤也可称为“蓝化”。入蒸馏水洗去碱性水分。入70%酒精→80%酒精各5分钟。入伊红染液染色30秒至数分钟。以95%酒精对伊红分色，至胞浆，结缔组织等呈桃红色。上行脱水：染色后的切片，因组织内含水而不透明，不能清晰地观察其微细结构。因此，须将组织内的水分经各级酒精→无水酒精逐步置换，后进入不含水份的透明剂内。透明：入二甲苯透明剂，二次（各数分钟）。取出切片：将组织周围多余的二甲苯擦去，滴树胶后加盖玻片封固。结果：细胞核蓝紫色，胞浆、胶原纤维、肌纤维为桃红色，嗜酸性颗粒为鲜红色，弹性纤维呈明亮桃红色。调整切片厚度调整器，以3-5um为宜，进行切片。切出的蜡片应连续成完整的带状，用毛笔轻轻将蜡片托起，而后用眼科镊夹起，正面向上放入水浴锅的温水中（水温一般低于蜡熔点10-12℃，在45-50℃左右），待切片展平后，即可进行分片和捞片。每次展片完后，必须认真清理水面，不得遗留组织碎片，以防造成污染。将蜡片捞起并附贴于涂有蛋白甘油的载玻片上，捞片时应注意蜡片位置（放在载玻片左或右2/3处中央），要留出贴标签的空间，蜡片与载玻片之间应无气泡。捞起切片后，立即写上编号。烤片：将已放置了蜡片的载玻片呈45o斜置片刻，待载玻片上的水分流下后插入切片架中，放入烤箱内烘烤，一般在60℃烤箱内烤30-60min，也可用烤片器烤片。经烘烤后，蜡熔化，切片牢固的贴于载玻片上。组织固定后，要除去组织中渗入的固定液和固定液产生的沉淀、结晶、色素等物质，否则会影响以后的染色效果，该过程即为固定后处理。处理方法要根据固定液来选择，经过中性多聚甲醛固定的组织一般采用流水冲洗24小时来处理（在流水冲洗之前，可对组织块进行适当的修整，便于包埋和切片的制作）。此外，含钙组织，如：骨、牙齿等，在冲洗之后还应进行脱钙处理。一般采用EDTA对含钙组织尽行脱钙处理，此法对组织无损伤，脱钙速度慢，酶活性保留，对组织抗原损伤小。
