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食品真空保存柜中重要的其一环节就是除氧。利用食品真空保存柜的主要作用是除氧，这样利于防止食品变质，其原理也比较简单，因食品霉腐变质主要由微生物的活动造成，而大多数微生物（如霉菌和酵母菌）的生存是需要氧气的，而食品真空保存柜就是运用这个原理，把容器内和食品细胞内的氧气抽掉，使微生物失去“生存的环境”。实验证明：当食品真空保存柜内的氧气浓度≤1％时，微生物的生长和繁殖速度就急剧下降，氧气浓度≤0．5％，大多数微生物将受到抑制而停止繁殖。（注：食品真空保存柜不能抑制厌氧菌的繁殖和酶反应引起的食品变质和变色，因此还需与其他辅助方法结合，如冷藏、速冻、脱水、高温杀菌、辐照灭菌、微波杀菌、盐腌制等。 ）
食品真空保存柜除了抑制微生物的生长和繁殖外，另一个重要功能是防止食品氧化，因油脂类食品中含有大量不饱和脂肪酸，受氧的作用而氧化，使食品变味、变质。此外，氧化还使维生素A和维生素C损失，食品色素中的不稳定物质受氧的作用，使颜色变暗。所以，食品真空保存柜能有效地防止食品变质，保持其色、香、味及营养价值。
食品真空保存柜进一步的改进思路：食品真空保存柜在抽真空后再充入氮气、二氧化碳、或2—3种气体的混合气体。其中氮气是惰性气体，起充填作用，使食品真空保存柜内保持正压，以防止食品真空保存柜外空气进入袋内，对食品起到一个保护作用。二氧化碳气能够溶于各类脂肪或水中，形成酸性较弱的碳酸，有抑制霉菌、腐败细菌等微生物的活性。
